기업법무/M&A
자산양수도 이후 종전 운영사의 미지급 부가가치세 부담 및 세금계산서 발행 거부 대응 자문
고객사는 도소매 거래 구조에서 사용되는 정산 프로그램과 영업권을 종전 운영사로부터 양수한 플랫폼 운영사로, 인수 이후 기존 거래처들과의 거래를 이어가던 중 종전 운영사가 과거 거래에 관하여 일부 도매업체들에게 지급하지 않은 부가가치세 상당액이 남아 있다는 사실을 확인하였습니다. 일부 도매업체는 고객사에게 정산 프로그램과 영업권을 양수하였으므로 종전 운영사의 미지급 부가가치세도 고객사가 책임질 것을 요구하면서, 이를 지급하지 않으면 고객사와의 거래에 관하여 발행하여야 할 세금계산서마저 발행하지 않겠다고 통지하였습니다.고객사는 정산 프로그램과 영업권만을 양수하였을 뿐 종전 운영사의 인수 이전 채무는 승계하지 않았다는 입장을 유지하고 있었으나, 실제 거래 현장에서는 세금계산서 발급 지연이 곧바로 운영상 차질로 이어질 수 있어 법적 권리관계와 실무 대응 방안을 함께 검토할 필요가 있었습니다.본 건의 핵심 쟁점은 첫째, 해당 거래가 상법상 영업양도에 해당하여 종전 운영사의 채무까지 포괄적으로 승계되는지 아니면 개별 자산만 이전된 자산양수도에 그치는지 여부, 둘째, 자산양수도계약상 채무 승계 제외 조항이 존재하는 상황에서 도매업체가 고객사를 상대로 과거 미지급 부가가치세 상당액의 지급을 청구할 수 있는지 여부, 그리고 셋째, 현재 고객사와 도매업체 사이에 실제 재화 공급이 이루어진 이상, 도매업체가 과거 종전 운영사와의 미정산 문제를 이유로 현재 거래분 세금계산서 발행을 거부할 수 있는지 였으며, 고객사가 취할 수 있는 대안이 무엇인지도 함께 검토하였습니다.검토 결과, 해당 계약은 종전 운영사의 프로그램, 상표, 도메인, SNS 계정 등 일부 자산과 영업권을 이전하는 내용이 중심이고, 근로관계 등 인적 조직의 동일성 승계가 수반되지 않았으며, 계약상으로도 종전 채무를 명시적으로 승계 대상에서 제외하고 있어 상법상 영업양도보다는 자산양수도로 평가될 가능성이 높다는 의견을 제시하였습니다. 이에 따라 고객사는 원칙적으로 종전 운영사의 미지급 부가가치세 상당액을 직접 부담할 법적 의무가 없고, 도매업체 역시 고객사를 상대로 그 지급을 강제할 별도의 청구권을 가지기 어렵다는 점을 설명하였습니다. 또한 세금계산서 발행의무는 현재의 재화 또는 용역 공급에 따라 발생하는 것이므로, 도매업체가 종전 운영사와의 과거 채권 회수를 압박하기 위한 수단으로 고객사에 대한 세금계산서 발행을 거부하는 것은 부가가치세법 체계와 정합적이지 않다는 점도 함께 짚었습니다.실무 대응 측면에서는, 향후 유사한 요구가 반복될 가능성을 고려하여 고객사가 거래처에 전달할 수 있는 입장을 자문하였습니다. 아울러 세금계산서 발행이 계속 지연될 경우에는 매입자발행 세금계산서 활용 가능성도 검토하되, 거래관계 훼손을 최소화하기 위하여 주요 거래처와는 별도 협의를 병행하는 방안이 바람직하다는 의견도 제시하였습니다. 한편 고객사가 불가피하게 일부 금액을 선지급한 경우에는, 자산양수도계약상 면책조항을 근거로 종전 운영사에 대한 구상 또는 손해배상 청구 가능성도 함께 검토하였습니다.본 자문은 플랫폼·정산 비즈니스에서 자산 인수 이후 종전 운영사의 미정산 리스크가 어떤 방식으로 현실화될 수 있는지를 보여주는 사례로서, 거래구조상 동일한 서비스가 계속 운영된다는 사정만으로 과거 채무가 당연히 승계되는 것은 아니라는 점을 분명히 했다는 데 의미가 있습니다. 또한 세금계산서 발행 문제처럼 법률관계와 거래현장의 실무가 직접 충돌하는 영역에서 계약 해석, 세법상 의무, 거래처 대응 전략을 함께 정리하여 분쟁 확산을 예방하고 사업 운영의 연속성을 확보하는 데 기여한 사례입니다.
작성일 2026-01-14