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정부 연구개발특구에 소재하면서 연구소기업 설립을 준비 중인 기술기반 스타트업(이하 ‘의뢰사’)으로부터, 향후 미국 법인을 모회사로 두는 플립(flip) 구조로의 전환이 연구소기업 제도와 양립할 수 있는지에 관하여 자문을 의뢰 받았습니다. 

의뢰사는 2026년 중 연구소기업을 설립하고 시드 투자·TIPS 추천을 받은 뒤 2027~2028년경 미국 법인을 설립하여 종국적으로 미국 법인이 의뢰사를 지배하는 구조를 계획하면서, 동종 연구소기업이 미국 나스닥 상장사와 결합한 선행 사례를 근거로 플립 가능 여부를 문의하였습니다.

핵심 쟁점은 연구개발특구법상 연구소기업 요건(공공연구기관 등의 지분 10% 이상 보유)과 플립 구조의 양립 가능성이었습니다. 

의뢰사가 인용한 선행 사례를 미국 SEC 공시자료를 토대로 분석한 결과, 이는 한국법인의 주주구성을 미국법인에 그대로 이전하는 플립이 아니라, 주식의 포괄적 교환을 통해 미국 상장사가 한국법인을 완전자회사로 인수하고 기존 주주들은 소수지분만 취득하며 엑시트(Exit)한 거래였음을 확인하였습니다. 

즉, 정부 부처 보도자료의 ‘나스닥 진출’이라는 표현과 달리 그 실질은 인수·엑시트였고, 해당 기업은 연구소기업 지위를 유지하지 못한 것으로 파악되었습니다.

이에 의뢰사에 대하여는, 2026년 시드 투자·연구소기업 설립을 예정대로 진행하더라도 장래 플립에 직접적 지장은 없으나 플립 시 주주 전원의 동의·협조(세무 부담, 해외투자 제약, 한·미 주식 조건 불일치 등으로 협조가 어려울 수 있음)가 필요한 점, 미국법인이 의뢰사를 90%만 지배하고 연구기관이 10%로 잔류하는 구조는 가능하나 완전한 플립으로 평가되기 어려워 미국 투자자에게 불충분한 지배구조로 인식될 수 있는 점, 그리고 100% 지배를 달성하려면 결국 연구소기업 지위를 반납(관련 사업비 반환 등 수반)하여야 하는 점을 단계적으로 안내하였습니다.

본건은 정부 부처의 성과홍보성 표현을 원자료(SEC 공시)로 교차검증하여 거래의 실질을 규명하고, 연구소기업 제도와 크로스보더 플립의 구조적 충돌 및 그 해소 방안을 제시함으로써, 의뢰사가 제도적 혜택과 장래 자본구조 설계 사이에서 합리적 의사결정을 내릴 수 있도록 지원한 사례입니다.